大陆在“海峡中线”西侧开航线，其经济上的必要性和紧迫性一目了然。对台当局怀揣不轨所造成的畸形心理，大陆方面无法照顾。不能因为那些人神经兮兮，我们就让海峡上空如此优越的天然航道长期空着。台当局早些面对现实，改弦更张，就能早些跟上周边蓬勃的发展变化。

李耀东辩护律师王振宇则认为，在案证据仅有言辞证据，且前后不一，不能形成闭合的证据链条。此外，涉案钱款的来源、去向均不明，不足以定罪。

《国防科工局、国家文物局携手加强军工文物保护》李耀东案从2016年11月21日召开庭前会议，之后经历了三次开庭：2017年9月26日，11月6日，12月12日至14日。